Come al solito mi sono affidato a San Google per cercare documentazione in merito a questo problema e ho trovato che IE renderizza male i font clear type quando vengono applicate le trasparenze.
Tra i vari risultati ho trovato molti workaround che cercano di arginare il problema, come ad esempio alla fine della transizione resettare i valori di filter alla fine delle transizioni come si può vedere dal codice qui sotto riportato da stackowerflow:
$('#myDiv').fadeIn('slow', function() {
this.style.removeAttribute('filter');
});